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Fullmetal Alchemist: The Prototype è una prima versione del manga Fullmetal Alchemist capitolo 1, disegnato da Hiromu Arakawa nel 2001 e pubblicato nel numero di luglio della rivista mensile Shōnen Gangan di Square Enix nel 2011 come regalo per i fan per celebrare l'anniversario dalla fine della serie. Per un prototipo di manga, entrambe le personalità dei fratelli Elric sono abbastanza coerenti con le loro successive controparti manga. Nella storia, parlando di trasmutazioni, sembra che ci sia un certo disprezzo per lo scambio equivalente, in quanto Edward, è stato in grado di trasformare un coltello in una spada e delle lacrime in un mare (anche se va notato che aveva ingerito una pietra filosofale prima di questo). In sostanza, tuttavia, il capitolo è solo una versione diversa da Cornello; sebbene il principale antagonista, il maggiore Arzen, condivida molti tratti sia con Cornello che con Yoki.